Fundado em 12 de outubro de 1963 a partir da mobilização dos trabalhadores na luta pela terra no município, exerceu um papel importante nos conflitos da Santo Inácio. Para os próprios fundadores do sindicato, sua história e a história do assentamento ocorreram juntas e não podem ser pensadas separadamente. De acordo com o depoimento de uma antiga liderança sindical de Trajano de Moraes, quando o Sindicato foi criado “o trabalho já começou em alta, com bastante luta”, referindo-se aos conflitos na Santo Inácio e ao agravamento das tensões após o golpe militar de 1964.
Com o golpe militar, instalou-se no país uma ditadura, regime em que os governantes ditavam as leis e não permitiam que ninguém as questionasse. As lideranças dos trabalhadores, tanto no campo como na cidade, foram presas. Algumas delas brutalmente torturadas e assassinadas nas prisões, outras foram mortas pelas milícias dos proprietários de terra; outras conseguiram se esconder e escapar da repressão. Os deputados, senadores, governadores que apoiavam medidas favoráveis aos trabalhadores do campo e da cidade, entre elas a Reforma Agrária, tiveram seus mandatos cassados. Várias lideranças políticas bem como a classe artística foram exiladas ou tiveram que sair do país para sobreviver.
Muitas conquistas dos anos 50 e 60 foram ameaçadas.
Em Trajano de Moraes, lideranças do Sindicato dos Trabalhadores Rurais recém fundado, foram perseguidos, presos, torturados, ameaçados de morte e tiveram seus direitos de cidadania negados por muitos anos, dentre eles uns dos seus fundadores como o Sr. Álvaro Pereira da Silva (Sr. Rondão), seu filho Alielso Ferreira da Silva, João Peçanha (João da Mira) e Júlio Joaquim de Oliveira.
Na data de 23 de setembro de 1987 foi eleita a Junta Governativa.
Em 10 de fevereiro de 1990 foi criado o Estatuto Social que deu legitimidade a Instituição.
O imóvel onde até hoje funciona a sede do Sindicato foi registrado no Cartório de Ofício Único de Trajano de Moraes em 28 de fevereiro de 1991, sob a matrícula: 1.156. No prédio funcionava a cadeia pública na década de 70 e foi doado pela Prefeitura Municipal de Trajano de Moraes em 28 de fevereiro de 1991.
Posteriormente o Sindicato ganhou corpo jurídico através do CNPJ: 01.654.939/001-32.
MANDATOS ELETIVOS - Presidentes:
1961-1964 – Júlio Joaquim de Oliveira
1964-1966 – Fechado pela Ditadura Militar
1966-1969 – Alielso Ferreira da Silva
1970-1973 – João Peçanha
1974-1977 – Nilo Pereira Peçanha
1978-1981 – Nilo Pereira Peçanha
1982-1985 – Nilo Pereira Peçanha
1986-1989 – Paulo César Ventura Mendonça
1990-1993 – Joel Cadmo
1994-1997 – Alielso Ferreira da Silva
1998-2001 – Arnaudo Fortunato
2002-2005 – Arnaudo Fortunato
2006-2009 – Arnaudo Fortunato
2010-2013 – Alielso Ferreira da Silva
2014-2017 – NOME
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